Un tema que debe ser resuelto a efecto de la resolución de la problemática planteada es determinar si las personas jurídicas públicas son titulares de derechos fundamentales, si puede negarse que las personas jurídicas públicas, entre ellas, el propio Estado, se hallan también protegidas por el principio de igualdad ante la ley, o que como a cualquier otro sujeto de derechos, les asiste el de obtener la adecuada tutela judicial.
En ese contexto, existe la corriente doctrinal que de manera general ha establecido que el recurso de amparo no constituye una vía abierta a los poderes públicos para la defensa de sus actos y de las potestades en que éstos se basan, sino, justamente, un instrumento para la correcta limitación de tales potestades y para la eventual depuración de aquellos actos, en defensa de los derechos fundamentales y libertades públicas de los particulares. Criterio sostenido por el Tribunal Constitucional de España en la STC 257/1988, de 22 de diciembre.
Este criterio que niega de manera categórica la titularidad de derechos fundamentales al Estado - y a la administración del Estado - se fundamenta en el hecho de que el Estado para la realización de los fines y la protección de los intereses públicos no es titular de derechos subjetivos, salvo cuando actúa sometiéndose al derecho privado, de modo que el Estado posee potestades y competencias, pero de ningún modo derechos fundamentales; lo que implica, que los órganos del Estado carecen de legitimación activa para interponer el amparo constitucional, pues aceptar la procedencia del amparo contra actos del mismo Estado manifestados a través de sus órganos, conduciría a una contienda de poderes soberanos.
Ahora bien, completando el análisis, es menester precisar que de las sentencias constitucionales emitidas por el Tribunal Constitucional de España como las SSTTCC 4/1982, de 4 de septiembre, 19/1983 de 14 de febrero y 64/1988 de 12 de abril, se reconoce la aptitud de las personas jurídicas públicas para ser titulares de ciertos derechos fundamentales, y por lo tanto, de gozar de capacidad y tener legitimación activa en el proceso de amparo, en los siguientes supuestos generales:
Cuando actúan desprovistos de su poder de imperium en el ámbito de las relaciones de derecho privado, como titulares de derechos fundamentales, en este supuesto existe una relación lineal entre el particular y la entidad pública; las personas jurídicas públicas actúan en relaciones de estricto derecho privado, en igualad de condiciones con otros sujetos, ya sean personas físicas o jurídicas.  En esta hipótesis dichas entidades públicas serán titulares de aquellos derechos fundamentales en la medida en que por su naturaleza, resulten aplicables a ellas, es decir de aquellos derechos fundamentales que le son propios a las personas jurídicas, según el entendimiento desarrollado en el Fundamento Jurídico III.4.2. de la presente Resolución.
Esta posición encuentra su respaldo en aquella que sostiene que las personas jurídicas públicas tienen legitimación activa cuando actúan como entidad jurídica de derecho civil, ya que al ser poseedora de bienes propios que le son indispensables para ejercer sus funciones, le es necesario también mantener relaciones de naturaleza civil con los poseedores de otros bienes o con las personas encargadas de la administración de aquellos, bajo esta forma de actuación posible de los órganos del Estado, donde éstos actúan como cualquier persona jurídica capaz de adquirir derechos y de contraer obligaciones, se encuentran en aptitud de utilizar todos aquellos medios que la ley concede a las personas en general para su defensa, entre ellos el recurso de amparo, esto se justifica porque no están ejerciendo actos propios de soberanía. Otra situación de legitimación activa, en este ámbito, será contra los actos que afecten las relaciones laborales entre los órganos del estado y sus trabajadores, en el criterio de que aquéllos tienen legitimación activa en un proceso de amparo, puesto que actúan en calidad de Estado-patrono y no como ente soberano.
Tratándose de personas jurídicas públicas de base asociativa, cuando actúan en defensa del derecho fundamental de alguno de sus miembros, por ejemplo la protección del derecho a reunirse o asociarse para fines lícitos, consagrado en el art. 7 inc. c) de la CPE.
Cuando los entes públicos actúan provistos de imperium, su aptitud para ser titulares de derechos fundamentales, y por lo tanto su capacidad y legitimación en el proceso de amparo, deberá examinarse en cada caso concreto, teniendo en cuenta el tipo de persona jurídica pública de que se trate y el derecho fundamental cuya lesión se invoque, como por ejemplo las universidades públicas.
A estas situaciones debe añadirse que en materia de derechos fundamentales se admite la legitimación activa para el amparo, a determinados órganos públicos, como ocurre en Bolivia, en la prevista por el art. 19.II de la CPE que reconoce al Ministerio Público la facultad de interponer de oficio el recurso de amparo cuando no lo hiciere o no pudiere hacerlo la persona afectada; así como al Defensor del Pueblo de acuerdo al art. 129.I de la CPE que le faculta a interponer, entre otros, el recurso de amparo sin necesidad de mandato.
Este reconocimiento obedece a la específica posición institucional, funcionalmente delimitada en los arts. 124 y 127 de la CPE, es decir, teniendo en cuenta que el Ministerio Público tiene por finalidad promover la acción de la justicia, defender la legalidad, los intereses del Estado y la sociedad; y que al Defensor del Pueblo le corresponde velar por la vigencia y el cumplimiento de los derechos y garantías de las personas en relación a la actividad administrativa de todo el sector público, y velar por la defensa, promoción y divulgación de los derechos humanos. Esto supone que ambos órganos públicos, en la vía de amparo, defienden ciertamente derechos fundamentales, pero lo hacen, y en esto radica la peculiar naturaleza de su acción, no porque ostenten su titularidad, sino como portadores del interés público en la integridad y efectividad de tales derechos.