Como se tiene señalado precedentemente,  el art. 31 del CPP determina que el término de la prescripción de la acción se interrumpe por la declaratoria de rebeldía del imputado, momento desde el cual el plazo se computa nuevamente.
Conforme a esa norma, la declaratoria de rebeldía tiene como efecto borrar el tiempo corrido de prescripción y comenzar un nuevo plazo a partir de esa declaratoria; esto debido a que la rebeldía tiene como fundamento el incumplimiento del imputado a disposiciones judiciales como la incomparecencia sin causa justificada a una citación, la evasión del establecimiento donde se encontraba detenido, el incumplimiento de un mandamiento de aprehensión y la ausencia, sin licencia del juez del lugar asignado para residir (art. 87 del CPP) y, por lo mismo, el rebelde no puede ser beneficiado con la prescripción del tiempo transcurrido hasta la declaratoria de rebeldía.
La interrupción de la prescripción por rebeldía, implica una sanción para quien desobedece órdenes judiciales y se resiste al sometimiento a juicio, pues el cómputo del plazo se modifica sustancialmente para el rebelde, quien tendrá que realizar el cálculo de la prescripción considerando el plazo íntegro de los supuestos establecidos en el art. 29 del CPP a partir de la declaratoria de rebeldía.
Conforme a lo anotado, nuestro Código adopta una posición que responde al criterio mayoritario de la doctrina y legislación comparada; pues, permite al rebelde acogerse al beneficio de la prescripción, pero contando un nuevo término.  La posición contraria afirma que el rebelde debe ser excluido de la prescripción, puesto que en el proceso no se le ha causado indefensión: conocía la denuncia y el proceso seguido en su contra y, pese a ello, no utilizó los medios de defensa previstos por el ordenamiento jurídico; sin embargo, el grupo mayoritario de autores, sigue el criterio -al que se acoge nuestro Código- que el rebelde puede ser incluido dentro de la prescripción, pues ésta no sólo se funda en el derecho a la defensa, sino también en el derecho a la seguridad jurídica y en las múltiples razones de orden subjetivo, objetivo, de política criminal, etc. descritas precedentemente.