Según la doctrina procesal, las excepciones son medios de defensa, distintos o diferentes al litigio principal, pero relacionados directamente con él, se sustancian y deciden por separado; pueden ser planteadas en cualquier momento a lo largo del proceso penal. Dependiendo de su regulación, en la generalidad de los casos no suspenden la tramitación del proceso principal a menos que hubiere disposición expresa o cuando excepcionalmente así lo resolviera el órgano jurisdiccional cuando fuera indispensable por la naturaleza de la cuestión incoada; son ventiladas y decididas por resolución distinta a la de fondo. Las normas adjetivas del Código de Procedimiento Penal, establecen que las excepciones en materia penal, gozarán de idéntico tratamiento que los incidentes.
El último párrafo del art. 44 del CPP, dispone que el juez o tribunal que sea competente para conocer de un proceso penal, lo será también para decidir sobre todas las cuestiones e incidentes que se susciten en el curso de su tramitación, así como para dictar las resoluciones respectivas y ejecutarlas.
El art. 308 del citado Código adjetivo penal, establece una lista taxativa de los tipos de excepciones que pueden ser presentadas por las partes del proceso, correspondiendo a las siguientes: 1) Prejudicialidad; 2) Incompetencia; 3) Falta de acción, porque no fue legalmente promovida o porque existe un impedimento legal para proseguirla; 4) Extinción de la acción penal según lo establecido en los arts. 27 y 28 del mismo cuerpo legal; 5) Cosa juzgada; y, 6) Litispendencia. El mismo artículo dispone más adelante que si concurren dos o más excepciones, éstas deben plantearse conjuntamente.
Las excepciones persiguen dos motivos: i) Evitar que se ingrese al fondo del asunto, guardan relación con situaciones enteramente formales que merecen una solución previa; por ende, pretenden dilatar el proceso; éstas son las contenidas en los incs. 1), 2), y 3) del art. 308 del CPP; y, ii) Las que no sólo buscan dilatar el proceso sino tienden a ponerle fin, sin ingresar al fondo; son las previstas en los incs. 4), 5) y 6) del precitado artículo. De donde se concluye que las excepciones en general, como oposiciones a la acción penal, buscan dilatar el proceso penal o en su defecto, extinguirlo; y por ello, son de previo y especial pronunciamiento.