Este principio no es aplicable exclusivamente al ámbito penal, sino que también lo es al ámbito administrativo, cuando se impone a un mismo sujeto una doble sanción administrativa, o cuando se le impone una sanción administrativa y otra penal pese a existir las identidades antes anotadas (sujeto, hecho y fundamento).
Conforme a esto, no existirá violación al principio non bis in idem, cuando alguna de las identidades no se presenta; por ejemplo, cuando el sujeto a quien se le imponen las sanciones, administrativa y penal, no es el mismo, o cuando se trata de hechos diferentes o, finalmente, cuando el fundamento de ambas sanciones es distinto.
La última distinción es la que ha sido analizada con mayor detenimiento por la doctrina; llegándose a establecer que cuando no existe identidad de fundamento entre la sanción administrativa y penal, en atención a que en ambos casos se protegen bienes jurídicos diferentes, es factible que se pueda sancionar un mismo hecho en forma doble: aplicándose la sanción penal y, por otra parte, la sanción administrativa.
Esta posibilidad ha sido reconocida en la jurisprudencia del Tribunal Constitucional Español, al admitir la dualidad de sanciones cuando las normas que las imponen contemplan los mismos hechos desde la perspectiva de un interés jurídicamente protegido diferente al de la primera sanción impuesta, o también, que tengan su fundamento en una relación jurídica diferente entre sancionador y sancionado. (STC de 10 de diciembre de 19991, Num. 234/1991. Recurso de Amparo Núm. 1473/1989).
De acuerdo al último entendimiento, las sanciones administrativas-disciplinarias, se basan en un vínculo jurídico diferente entre sancionador y sancionado, pues existe una relación de supremacía de la Administración respecto al administrado, teniendo la sanción administrativa - disciplinaria un fundamento específico. Así, tratándose de funcionarios públicos que con una misma conducta vulneran dos ordenamientos jurídicos: el penal y el administrativo, es posible aplicar una sanción penal y otra administrativa - disciplinaria, dado que esta última tiene un fundamento diferente, cual es preservar el buen funcionamiento de la Administración.
En similar sentido, la jurisprudencia de la Corte Constitucional de Colombia, ha señalado que es posible, sin vulnerar el non bis in idem, que una persona pueda ser objeto de dos o más sanciones de naturaleza diferente por la comisión de un mismo hecho, siempre que con su conducta se vulneren distintos bienes jurídicos tutelados,  y que la imposición de las sanciones esté a cargo de autoridades de diferentes jurisdicciones (Sentencia  C-529/01)

El principio -como quedó precisado- no sólo tiene aplicación protectiva en materia penal, sino también en materia administrativa, cuando se imponen sanciones por contravenciones cometidas contra la Administración en el ámbito de sus diferentes sectores (contravenciones al medio ambiente, al Código Tributario Boliviano, a la Ley General de Aduanas, etc.), en las cuales, si existe identidad en el hecho, en los sujetos y en el fundamento, no es posible imponer una nueva sanción, siendo aplicable el principio non bis in idem.
Ahora bien, en los casos de procesos disciplinarios contra servidores públicos o, concretamente, en los casos de responsabilidad administrativa, se debe tomar en cuenta el art. 28 la Ley de Administración y Control Gubernamentales (LACG), que señala que todo servidor público responde por los resultados emergentes del desempeño de las funciones, deberes y atribuciones asignados a su cargo y, en consecuencia, tiene responsabilidad administrativa, ejecutiva, civil o penal. 
Conforme a esa norma y a lo establecido por el art. 29 de la LACG, el servidor público, tiene responsabilidad administrativa cuando la acción u omisión contraviene el ordenamiento jurídico y administrativo y las normas que regulan la conducta funcionaria del servidor público; así también lo establece el art. 13 del Reglamento de la Responsabilidad por la Función Pública, Decreto Supremo (DS) 23318-A, de 3 de noviembre de 1992, modificado por el DS 26237 de 29 de junio de 2001. El mismo Reglamento en el art. 30 establece que: “Las resoluciones ejecutoriadas dictadas en los procesos internos causan estado. No podrán ser modificadas o revisadas por otras responsabilidades, sean ellas civiles, penales o ejecutivas”.
De acuerdo a las normas transcritas, cuando por un mismo hecho se impone una sanción penal y otra administrativa, el principio del non bis in idem  no es aplicable, toda vez que en estos casos se vulneran diferentes bienes jurídicos, tutelados por distintas ramas o ámbitos del derecho: el penal y el administrativo y, en consecuencia, el fundamento de las sanciones es diferente. Así, cuando un funcionario contraviene el ordenamiento jurídico administrativo y las normas que regulan la conducta funcionaria, se le impone una sanción administrativa en virtud a la potestad disciplinaria del Estado, que tiene un componente fundamentalmente ético, toda vez que su finalidad es el resguardo del prestigio y dignidad de la institución pública, el servicio de los intereses generales y la eficacia de los servicios públicos.