El art. 54 del CPP, establece que: “Los jueces de instrucción son competentes para; 1) El control de la investigación, conforme a las facultades y deberes previstos en este Código; 2) Emitir las resoluciones jurisdiccionales que correspondan durante la etapa preparatoria y de la aplicación de criterios de oportunidad; 3) La sustanciación y resolución del proceso abreviado; 4) Resolver la aplicación del procedimiento inmediato para delitos flagrantes; 5) Dirigir la audiencia de preparación de juicio y resolver sobre las cuestiones e incidentes planteados; 6) Decidir la suspensión del proceso a prueba; 7) Homologar la conciliación, siempre que sea procedente, cuando les sea presentada; 8) Decidir sobre las solicitudes de cooperación Judicial internacional; 9) Conocer y resolver, sobre la incautación de bienes y sus incidentes; y, 10) Conocer y resolver la Acción de Libertad, si no existieran jueces de sentencia en su asiento jurisdiccional, cuando sea planteada ante ellos” (Modificado por Ley No. 007 de 18 de mayo de 2010). De donde se extrae, que la indicada autoridad, no tiene competencia, facultad o atribución para conocer y/o revisar las resoluciones emitidas por el representante del Ministerio Público, dado que se trata de un órgano que goza de autonomía en la apertura y conclusión de la investigación.
Desde el momento que el representante del Ministerio Público, comunica o avisa el inicio de la investigación de un hecho punible ante el juez de instrucción en lo penal, a partir de ese momento comienza el control jurisdiccional sobre la investigación, cuya finalidad es precautelar que la investigación se lleve adelante respetando los derechos fundamentales y garantías constitucionales del denunciado, querellado, imputado, acusado, víctima y/o querellante, conforme a las normas procesales penales y la Constitución Política del Estado. El Código de Procedimiento Penal, delimitó rigurosamente las funciones de investigación del fiscal y las jurisdiccionales que corresponden al juez de instrucción en el marco del art. 279, indica que la Fiscalía y la Policía Nacional actuarán siempre bajo control jurisdiccional y recogiendo el principio que los fiscales no podrán realizar actos jurisdiccionales, ni los jueces actos de investigación que comprometan su imparcialidad.

Cabe aclarar, que toda actuación del fiscal, que a juicio del denunciado, imputado o querellado y/o víctima o querellante, sea contraria a procedimiento o sus derechos y que se hubieren producido durante la etapa preliminar, preparatoria o juicio y que correspondieren al ámbito de competencia del juez instructor en lo penal o del Tribunal de Sentencia, deberán ser reclamadas en esa instancia. Empero, aquellas actuaciones del representante del Ministerio Público que se suscitaren ante el propio órgano de investigación, del cual emerjan determinaciones, como el rechazo de la denuncia, querella, actuaciones policiales, salidas alternativas o actos conclusivos, que pudieren lesionar derechos fundamentales o garantías constitucionales del denunciado, imputado o acusado y/o víctima o querellante, corresponderán ser impugnadas en esa instancia, por cuanto incumbe al ámbito de competencia del Ministerio Público.