La SCP 0108/2014 de 10 de enero, realizó la contextualización de la línea jurisprudencial respecto a la interposición de excepciones de incompetencia y sobre la competencia del juez para el control de la investigación, mencionando a las SSCC 0486/2007-R, 1306/2010-R y 0546/2011-R y a la SCP 0703/2012 de 13 de agosto, entre otras, que establecieron que la investigación no puede sustraerse del control jurisdiccional, en mérito a lo dispuesto por el art. 314 del CPP, que dispone que las excepciones y las peticiones o planteamientos de las partes, que por su naturaleza o importancia, deban ser debatidas o requieran la producción de prueba, se tramitarán por la vía incidental, sin interrumpir la investigación; por lo que, tampoco se interrumpe el control de la autoridad jurisdiccional demandada; de lo contrario, las partes estarían expuestas a sufrir vulneraciones de sus derechos, ya sea de parte de los funcionarios de la Policía Boliviana como de los representantes del Ministerio Público.
A partir de dichos antecedentes, la SCP 0108/2014, en el Fundamento Jurídico III.4, estableció las siguientes subreglas para la tramitación de las excepciones y sus efectos en la etapa preparatoria:
1.  La interposición de excepciones, de cualquier naturaleza, incluida la excepción de incompetencia, no suspende la investigación, y tampoco la competencia del juez para el ejercicio del control jurisdiccional de la investigación, incluido el conocimiento y resolución de la consideración de medidas cautelares.
2.  Una vez resueltas las excepciones, incluida la de incompetencia, el juez cautelar mantiene su competencia para el control de la investigación mientras su resolución se encuentre apelada y la misma no quede ejecutoriada.
3. Las excepciones deben ser resueltas por el juez cautelar sin dilaciones, en los plazos y conforme al procedimiento previsto por el Código de procedimiento penal, con independencia de las solicitudes vinculadas a la aplicación, modificación o cesación de las medidas cautelares, cuyo trámite no depende de la resolución de las excepciones formuladas; entendimiento que implica una modulación a la SCP 1949/2012 de 12 de octubre, en la que se sostuvo que si bien la presentación de las excepciones no suspende la investigación y, tampoco la competencia de la autoridad judicial; empero, antes de ingresar al análisis de las medidas cautelares, se deben resolver las excepciones formuladas.
Consiguientemente, se tiene que la interposición de la excepción de incompetencia en la etapa preparatoria, no interrumpe la investigación, por ende la misma debe proseguir con todos los actos y solemnidades, claro está sometidos a control jurisdiccional efectivo e ininterrumpido, pues la referida excepción, menos puede suspender la competencia del juez de instrucción en lo penal, quien su función debe obedecer y partir de la propia Constitución