Como se tiene referido en el punto III.1 de esta Sentencia, la objeción de conciencia no es un derecho fundamental autónomo sino un elemento o contenido esencial del derecho a la libertad de conciencia. En ese orden no es un derecho de invocación directa, lo que significa que no puede exigirse directamente su cumplimiento, por lo mismo su judicialización; pues requiere de una expresa institucionalización en el ordenamiento jurídico del Estado, toda vez que su aplicación plantea problemas prácticos complejos, por lo que se requiere de la adopción de una serie de medidas y previsiones.
En efecto, un primer problema que plantea la aplicación práctica de la objeción de conciencia es el referido al principio de la igualdad de las personas ante la Ley, pues no resulta razonable el que algunas personas cumplan con el deber constitucional de prestar el servicio militar obligatorio, como deber constitucional de servicio al Estado y otras queden totalmente exentas con la sola invocación del derecho a la libertad de conciencia y su contenido esencial de la objeción de conciencia, sin que en su reemplazo puedan prestar servicio social alguno al Estado; para evitar ese eventual conflicto deberán adoptarse legalmente servicios sociales sustitutos que podrán ser prestados por los objetores para evitar que se produzcan actos discriminatorios al otorgar tratos diferenciados, liberar de todo servicio a unos y obligar el cumplimiento del servicio a otros.
De otro lado, la aplicación de la objeción de conciencia plantea la necesidad de contar con un marco normativo que regule las condiciones mínimas dentro de las cuales ha de reconocerse el derecho de objetar el servicio militar obligatorio invocando razones de libertad de conciencia o de libertad religiosa, así como los mecanismos y procedimientos de comprobación mínima de las convicciones que, naciendo del ámbito del derecho a la libertad de conciencia, o el derecho a la libertad de religión, le impidan materialmente a la persona a prestar el servicio militar obligatorio, de manera que el Estado esté compelido a reemplazar el servicio militar con otro que no afecte ese fuero íntimo de sus convicciones o creencias; finalmente, que dicho marco normativo establezca los servicios sociales sustitutos que el objetor de conciencia podrá prestar para ser liberado del servicio armado.
En concordancia con lo referido precedentemente, cabe señalar que los organismos internacionales de protección de los Derechos Humanos, si bien es cierto que han interpretado que la objeción de conciencia al servicio militar deriva de los derechos humanos de la libertad de conciencia, libertad de religión y libertad de cultos, no es menos cierto que los mismos han recomendado a los Estados Partes de los Tratados y Convenciones sobre Derechos Humanos, promulgar leyes y adoptar medidas destinadas a eximir del servicio militar cuando exista una auténtica objeción de conciencia al servicio armado. Así la Comisión de Derechos Humanos de las Naciones Unidas, adoptó el 8 de marzo de 1989, durante el 45 período de sesiones, la resolución 1989/59, en la que recomendó a los Estados adoptar las medidas legales y administrativas pertinentes para garantizar a las personas el ejercicio de la objeción de conciencia al servicio militar; en sus partes salientes dicha resolución manifiesta lo siguiente:
"La Comisión de Derechos Humanos,
“Teniendo en cuenta que en el Pacto Internacional de Derechos Civiles  y Políticos  se reconoce  que toda persona  tiene derecho a la libertad de pensamiento, de conciencia y de religión.
“Reconociendo que la objeción de conciencia al servicio militar se deriva principios y razones de conciencia, incluso  convicciones profundas, basados en motivos religiosos o de índole similar,
(..)
“1. Reconociendo el derecho de toda persona  a tener objeciones de conciencia  al servicio militar como ejercicio legítimo del derecho a la libertad de pensamiento, de conciencia y de religión enunciado en el artículo 18 de la Declaración Universal de Derechos Humanos y en el artículo 18 del Pacto Internacional de Derechos Civiles  y Políticos;
“2. Hace un llamamiento a los Estados  para que promulguen leyes y adopten medidas destinadas a eximir del servicio militar cuando exista una auténtica objeción de conciencia al servicio armado;
“3. Recomienda a los Estados que tengan un sistema de servicio militar obligatorio en el que no se haya introducido todavía una disposición de ese tipo, que introduzcan varias formas de servicio alternativo para  los objetores de conciencia, compatibles con las razones en que se basa la objeción de conciencia, teniendo en cuenta la experiencia  de algunos Estados  al respecto, y que se abstengan de encarcelar a esas personas;
“4. Insiste en que esas formas de servicio alternativo deben ser,  en principio, de carácter no combatiente o civil, en interés público y no de carácter punitivo;
“5. Recomienda a los Estados Miembros, si no lo han hecho todavía, que establezcan, dentro del marco de su sistema jurídico interno, órganos de formulaciones de decisiones independientes e imparciales con la tarea de  determinar si la objeción de conciencia  es válida en cada caso concreto.”
Por su parte la Comisión Interamericana de Derechos Humanos, en su Informe Anual de 1997, también recomendó a los Estados Partes del Sistema Interamericano, adoptar las medidas legislativas necesarias para hacer posible que las personas puedan ejercer la objeción de conciencia como una excepción al servicio militar.
Ahora bien, efectuadas las consideraciones jurídico - constitucionales que preceden, cabe señalar que en el sistema constitucional boliviano, si bien es cierto que, al formar parte del ordenamiento jurídico las declaraciones, tratados y convenciones internacionales sobre derechos humanos, forman parte del catálogo de los derechos fundamentales los derechos a la libertad de conciencia, la libertad de religión y la libertad de cultos, de los cuales deriva la objeción de conciencia, no es menos cierto que no existe una institucionalización legal, es decir, una adopción de medidas legislativas que consagren la objeción de conciencia como una excepción al servicio militar obligatorio, creando paralelamente los servicios sociales sustitutos para los objetores en resguardo del principio de la igualdad de las personas ante la ley, así como del régimen legal que regule el ejercicio de la objeción de conciencia.
Entonces al no estar consagrado ni debidamente regulado en el ordenamiento jurídico del Estado la objeción de conciencia, las personas en edad de prestar el servicio no pueden invocar dicho derecho como una excepción al servicio militar obligatorio, de su parte, las autoridades de las Fuerzas Armadas tampoco pueden atender la petición de las personas que la invoquen.