En cuanto a su tramitación, el art. 314 del CPP, explicita que las excepciones y las peticiones o planteamientos de las partes que por su naturaleza o importancia deban ser rebatidas o requieran la producción de prueba, se tramitarán por la vía incidental sin interrumpir la investigación y serán propuestas por escrito y fundamentado en la etapa preparatoria y oralmente en el juicio, ofreciendo prueba y acompañando la documentación correspondiente. Planteada la excepción o el incidente, el juez o tribunal la correrá en traslado a las otras partes para que dentro de los tres días siguientes a su notificación, contesten y ofrezcan prueba.
De la norma extractada se puede señalar que tanto las excepciones como los incidentes pueden ser planteados no sólo por el imputado sino también por el fiscal y el querellante, en la etapa preparatoria o durante el juicio oral, obteniendo un tratamiento diferente en su tramitación, por las características de cada etapa procesal; lo que no excluye la posibilidad de su presentación antes del juicio oral, las cuales deben reservarse para ser resueltas en la misma audiencia.

El art. 315 del CPP, manda que en el caso que el incidente fuera de puro derecho o si no se ha ofrecido o dispuesto la producción de prueba, el juez o tribunal sin más trámite dictará resolución fundamentada dentro de los tres días siguientes de vencido el plazo previsto en el art. 314 para responder el incidente.
En el caso que se hubiere dispuesto la producción de prueba, se convocará dentro de los cinco días a una audiencia oral para su recepción, en la que se resolverá el incidente de manera fundamentada; y, el rechazo de los incidentes planteados, impedirá un nuevo planteamiento por los mismos motivos.
En cuanto al plazo para su resolución, el art. 132 inc. 2) del CPP, refiere que salvo disposición contraria del Código, el juez o tribunal resolverá los incidentes y dictará los autos interlocutorios dentro de los cinco días de contestada la actuación que los motiva o vencido el plazo para contestarla.
La disposición contraria a la que se refiere esta normativa se entiende que son los casos antes referidos, en los que se permite la resolución del incidente incoado -cuando fuere de puro derecho o sin prueba a producirse- al vencimiento de los tres días disponibles para contestar el incidente, esto es cuando el trámite se desarrolla por escrito y no en audiencia.