De acuerdo al art. 9 de la LOJM, la  "Jurisdicción militar es la facultad que la ley concede a las autoridades judiciales militares y tribunales castrenses para administrar justicia en causas criminales, por delitos determinados en el Código Penal Militar y por infracciones que sean sometidas a su conocimiento por leyes especiales"
Ahora bien, los procesos penales militares se encuentren regulados por el Código de Procedimiento Penal Militar, aprobado por Decreto Ley (DL) 13321 de 22 de enero de 1996, conforme lo determinó la SC 0664/2004-R de 6 de mayo: "...el art. 140 de la LOFA, complementado por la Ley 1474 de 1 de abril de 1993, establece que "En tanto se sancionen y promulguen nuevos Códigos de Justicia militar, mantiene en vigencia el DL 13321 de 22 de enero de 1976, en todo lo que no sea contrario a la presente ley".
Esta norma regula dos etapas procesales: El sumario informativo y el juzgamiento. El primero se inicia con la orden de la autoridad militar que tenga conocimiento de haberse cometido un hecho punible para que inmediatamente se investigue ese hecho, designando al efecto un juez instructor y un secretario (art. 81  del CPPM). El juez sumariante tiene la atribución de comprobar el cuerpo del delito, recoger los instrumentos y documentos que considere necesarios y conservarlos en custodia, recibir declaraciones de los sindicados, denunciantes, querellantes o testigos, entre otras.
A la conclusión del sumario informativo, que debe tener una duración de diez días a partir de la orden de organización del sumario (art. 106 del CPPM), el juez sumariante elevará ante la autoridad que ordenó su organización el informe en conclusiones, acompañando todo lo actuado (art. 103 del señalado Código),
La autoridad militar que recibe las conclusiones del sumario, tiene la facultad de dictar auto de sobreseimiento, sanción disciplinaria, remisión al tribunal de honor y a la jurisdicción común; y posterior procesamiento si existen suficientes indicios de culpabilidad en la comisión del delito.
Radicada la causa en el Tribunal Militar para el juzgamiento, dentro del término máximo de tres días se designará un vocal relator (art. 139 del CPPM), se señalará día y hora para la vista de la causa y la apertura de debates (art. 141 del citado código). De acuerdo al art. 154 del CPPM, el Tribunal admitirá como medios de prueba todos los elementos de convicción que pueden conducir al esclarecimiento de la verdad.