La determinación de la filiación del hijo en los casos en los que se pretende la investigación de paternidad se rige por los principios de verdad biológica y favor filii, a las que nos referiremos a continuación:
i) El principio de la verdad biológica. Como respuesta al sistema que daba preferencia a la filiación en consideración al tipo de vínculo que unía a los progenitores a partir de lo cual se generaba la categorización de los hijos (en legítimos, naturales y otros), en resguardo de los derechos del hijo, particularmente de los menores, surgió el principio de verdad biológica, el cual proclama que el establecimiento de la filiación debe determinarse con base a verdad material en su vertiente de verdad o realidad biológica, procurando, en la medida de lo posible, que coincidan la filiación jurídica con la biológica. Este principio se materializa en la posibilidad de la investigación de la paternidad, la cual, sin embargo, se encuentra subordinada al interés preferente de los hijos.
ii) El principio de favor filii. Como señala Maricela Gonzales Pérez de Castro (La verdad Biológica en la determinación de la filiación), la investigación de paternidad es uno de los aspectos que integran el principio favor filii (en beneficio del hijo); el mismo supone una regla en virtud de la cual en caso de conflicto, el interés de los hijos prepondera y el interés de los padres se sacrifica y cede; la protección integral que se pretende lograr es la de los hijos en general, sin tomar en cuenta su origen ni edad; dicha protección no solo está encaminada a la búsqueda de la verdad material, sino, sobre todo, a una protección moral o espiritual. En mérito a este principio, en la determinación de la filiación del hijo, la realidad biológica solo es el punto de partida ya que frente a esta existe una realidad social que debe considerarse, pues en ella existen derechos protegidos constitucionalmente, como es el caso del derecho a la identidad y a la protección de la familia, de manera tal que en virtud del principio favor filii en algunas circunstancias la verdad biológica deberá ceder y prevalecer la verdad social, expresada en la posesión de estado del que goza el hijo. El principio favor filii o en beneficio del hijo, cuya aplicación es amplia y no se reduce únicamente a la investigación de la paternidad, se encuentra reconocido en el art. 60 de la CPE, la cual señala que Es deber del Estado, la sociedad y la familia, garantizar la prioridad del interés superior de la niña y adolescente, que comprende la preeminencia de sus derechos... (las negrillas son añadidas); por su parte el art. 174.1 del CFabrg establecía que entre los derechos fundamentales del hijo se halla la de establecer su filiación paterna y materna, y de llevar el apellido de sus progenitores. En ese marco, al margen de la legitimidad que se le reconoce al hijo, es la propia normativa la que impone limitaciones al ejercicio de las acciones de impugnación de filiación, como sucede cuando el art. 185 del CFabrg, le niega acción de negación de paternidad al marido de la mujer que conocía de su embarazo o cuando después del nacimiento se comportó como padre; lo propio ocurre cuando se prevé la irrevocabilidad del reconocimiento (art. 199 del CFabrg); asimismo, al fijar plazos de caducidad para el ejercicio de las acciones de negación y desconocimiento de paternidad (art. 188 del CFabrg) e impugnación del reconocimiento (art. 2014 del CFabrg) o limitando la legitimación activa, como sucede con las acciones de reclamación de filiación (art. 191 del CFabrg).